Jurysdykcji sądów wojskowych podlegają nie tylko żołnierze, lecz także pracownicy cywilni zatrudnieni w strukturach Sił Zbrojnych. Zgodnie z art. 647 § 1 pkt 2 lit. a k.p.k., przepisy dotyczące przestępstw wojskowych mogą mieć zastosowanie również wobec pracowników zatrudnionych w strukturach wojska. Dotyczy to m.in. techników, kierowców czy operatorów sprzętu. W sytuacji naruszenia prawa – przestępstw dotyczących zasad pełnienia służby oraz ochrony mienia wojskowego – cywilny pracownik może odpowiadać przed sądem wojskowym.
W praktyce zdarzają się sytuacje, gdy przy współudziale kilku osób w popełnieniu czynu zabronionego dowódca różnicuje środki reakcji: wobec jednych żołnierzy stosuje sankcje dyscyplinarne, wobec innych inicjuje postępowanie karne. Decyzja ta opiera się na ocenie stopnia winy, roli w zdarzeniu czy dotychczasowej postawy służbowej, zawsze z uwzględnieniem interesu Sił Zbrojnych. Warto przy tym podkreślić, że pracownicy cywilni wojska naturalnie nie podlegają regulacjom dyscyplinarnym przewidzianym dla żołnierzy (art. 348 ustawy o obronie Ojczyzny). W praktyce oznacza to brak możliwości zastosowania wobec nich środków wychowawczych czy dyscyplinarnych – dowódca od razu w przypadku powzięcia wiadomości o popełnienia przestępstwa zobligowany jest zawiadomić o tym organy ścigania na podstawie art. 304 k.p.k.
Powyższa odmienność rodzi wątpliwości konstytucyjne w kontekście zasady równości (art. 32 Konstytucji RP), gdyż osoba cywilna, w przeciwieństwie do żołnierza, traci szansę na „łagodniejsze” rozwiązania wewnętrzne. Podobne zasady dotyczą także osób niezatrudnionych w wojsku, które współdziałają w przestępstwach wojskowych – jako wspólnicy, podżegacze czy pomocnicy (art. 21 § 2 k.k.). Nie obejmują ich przepisy dyscyplinarne, dlatego jedynym środkiem reakcji pozostaje wszczęcie postępowania karnego.